MacのELANデータをWindowsでうまく再生できない問題について

アノテーションソフトELANは、会話分析に欠かせないアプリです。
私は主にMacで使っていますが、研修講師や発表をする際はレッツノートにデータを移します。ところがレッツノートに移した途端、うまく再生できなくなってしまうことが多々ありました。
理由を一つずつ調べたところ、Macで編集したmp3ファイルを、Windowsがうまく処理できないことが原因のようでした。
私は複数の映像データと音声データをPluralEyesで同期し、Final Cut Proでトリミングをして、その上でELANに読み込ませています。どうやらこの行程に原因があるようです。
そこで、mp3ファイルをwavファイルに変換してELANに読み込ませたところ、レッツノートでも同様に再生させることができました。
WavファイルだとELANで波形表示もされます。